Pertempuran dalam Space Commander merupakan elemen yang paling menarik, dan bisa juga dikatakan sebagai atraksi utamanya. Setelah kamu memasuki stage dan memulai pertempuran, kamu mulanya hanya akan menggunakan dua unit Hero saja (unit khusus yang memiliki kekuatan di atas unit biasa). Kemudian, seiring berjalannya waktu dan setiap kali kamu menyerang, kamu akan mendapatkan poin logistik yang bisa dilihat di bagian bawah layar permainan. Poin itu nantinya akan kamu gunakan untuk membeli unit untuk diturunkan ke medan perang.
Namun, unit itu tidak serta merta keluar begitu saja. Kamu juga harus menentukan posisi dia keluar; sebisa mungkin unit dengan pertahanan besar ada di depan, kemudian unit penyerang dan support yang pertahanannya lemah ada di belakangnya. Penempatan inilah yang menjadi nilai strategis dari game ini. Bila kamu hanya membawa unit kuat dengan permintaan poin logistik besar saja, maka bisa jadi akan butuh waktu lama sampai ia dilepas ke pertempuran, dan kedua Heromu keburu mati. Pemilihan unit ini pula yang akan menentukan bentuk permainanmu nantinya.
Semua unit di dalam game ini akan bertempur dengan sendirinya, kamu hanya perlu menentukan unit yang digunakan saja. Mereka akan menyerang unit musuh yang terdekat darinya, dan hal ini pula yang menjadi bahan pertimbangan ketika menempatkan unit di medan perang. Hanya unit Hero dengan gelar Connector, yang posisinya di garis belakang saja dapat kamu tentukan kapan menggunakan serangan spesialnya; dengan cara menekan tombol di layar permainan. Kapan menggunakan serangan itu juga memiliki strategi tersendiri.
